Se em seu site o endereço de acesso mais utilizado é com www. (exemplo: www.seusite.com.br ao invés de seusite.com.br), ao gerar a CSR o recomendável é que você preencha o campo Domínio inserindo o endereço completo www.seusite.com.br
Exemplo:
Ao preencher desta forma as empresas certificadoras permitem que seu SSL seja utilizado também no endereço sem o www. Porém o contrário nem sempre é possível. Assim ao emitir um certificado para seusite.com.br em alguns casos o SSL pode não funcionar em www.seusite.com.br, então fique atento a esta questão.
Observação: Se sua intenção for utilizar o SSL em um subdomínio, leia o artigo Posso utilizar o certificado SSL em um subdominio? para saber o procedimento correto.
Atenção: Ao gerar a CSR tenha certeza do endereço no qual irá utilizar o certificado SSL. Não é possível alterar o domínio no certificado depois que ele for emitido.