Pode, mas desde que o certificado SSL tenha sido emitido especificamente para o subdomínio que você deseja utilizar.
Exemplo: Você tem o subdomínio loja.seusite.com.br e adquiriu o certificado SSL para este endereço (informando loja.seusite.com.br como domínio), então é possível utilizar.
O que não é possível fazer é adquirir um certificado para www.seusite.com.br e utilizá-lo em loja.seusite.com.br
O certificado só é válido para o endereço específico para o qual ele foi emitido. A única exceção para isto é se o certificado SSL for do tipo Wildcard, que é um tipo especial de SSL. Neste caso é possível utilizá-lo em todos os subdomínios que você criar.
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