Pode, desde que o certificado SSL tenha sido emitido especificamente para o subdomínio que deseja utilizar.
Exemplo: Você tem o subdomínio loja.seusite.com.br e adquiriu o certificado SSL especificamente para ele (inserindo este endereço - loja.seusite.com.br - como domínio), então é possível utilizar.
O que não é possível fazer é adquirir um certificado para www.seusite.com.br e utilizá-lo em loja.seusite.com.br
O certificado só é válido para o domínio específico para o qual foi emitido (e diretórios dentro dele). Não sendo válido para subdomínios.
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